マルコ福音書では、「パン種」の記事の直前に置かれたファリサイ派の「しるし」の求めに対して、イエスはきっぱりとこれを拒否しています。イエス様のこの厳しい態度と、続いて彼らから「立ち去った」とあることが、そのまま今回の「ファリサイ派のパン種」に対する警告へつながります。マルコ福音書のこの箇所と並行するルカ福音書１２章１節は、全く異なった文脈の中にでてきます。だから、「ファリサイ派のパン種」の言葉は、ほんらい、これだけで独立した伝承だったと考えられます。ルカ福音書はイエスの言葉だけを伝えていますが、マルコ福音書は、イエスの「パン種」についての言葉を、これを核に形成された物語として伝えています〔コリンズ『マルコ福音書』３８５頁〕。

　ところで、マルコ８章１５節のイエスの問いかけを省いて、１４節から１６節へつないで読むと、弟子たちが「一つのパン」しか持っていないために、パンが足りないのではと心配している様子がうかがわれます。これに対してイエス様が、先のパンの奇跡を弟子たちに思い出させて、パン一つさえあれば、１２名そこそこの人数が食べるのに十分ではないかと、弟子たちの不信仰と悟りの鈍さを戒めている様子が見えてきます。

　もしもこれがほんらいの物語であったとすれば、マルコはここに１５節の「ファリサイ派のパン種とヘロデのパン種」についてのイエスの言葉を挿入したことになります。このために、「偽善のパン種」という全く異なる内容が、ほんらいの物語に入り込む結果になり、弟子たちの不信仰とファリサイ派の偽善という、二つの異なる主題が重ね合わされることになった。このように分析されています。

　ただし新約聖書では、「パン種」は、腐敗・堕落を引き起こす「汚れの素（もと）」とされています（第一コリント５章６節の不道徳のパン種／ガラテヤ５章９節の律法主義のパン種）。「パン種」が悪い意味を帯びるのは、過越で用いる「種を入れないパン」から出ていて、「パン種」は「汚れ」「不純」を象徴するからでしょう。「パン種」は比喩ですから、多種多様な内容に当てはめることができます。上あげたファリサイ派の「教え」の比喩もその一つです。もしもイエスが、ファリサイ派の言う「パン種」の比喩を知っていたとすれば、イエスの言葉は、ファリサイ派に対する鋭い皮肉になっているのが分かります。

　マルコ福音書では、弟子たちの無理解が、最後の十字架の場においてイエスのほんとうの姿が弟子たちに顕わされる（マルコ１５章３９節）まで続きます。マルコ福音書は、言わば、イエスが誰であるのか？　言い換えるとイエスの霊性について弟子たちが真の理解に到達するまでの長い「教育課程」であるという見方があります〔フランス『マルコ福音書』３１４頁〕。なお、篭の数、（１２）と（７）については、それぞれの奇跡の箇所を参照してください。

　マルコ福音書の物語では、弟子たちのパンについての不信仰と、これに挿入されたファリサイ派のパン種（偽善）への注意、すなわち、パンが足りないことへの心配と、偽善に陥ることへの警戒との二つの異なる主題が重なって、物語の主旨が分かりにくくなっています。

　これに対してマタイ福音書のほうでは、マルコ福音書の「一つのパン」を省き、弟子たちがパンを忘れたという状況の中で、イエスのパン種の言葉が語られます。弟子たちがイエスの言葉を誤解しているのを知って、イエスが先のパンの奇跡を思い出させると、弟子たちは、イエスの言う「パン種」の真意を悟ることができます。マタイ福音書では、このように、イエスの言う「パン種」についての弟子たちの誤解と、その誤りを正すイエスの教えとが一つながりなって、物語が一貫した内容になっています。また、マルコ福音書では、弟子たちは最後まで「悟らない」状態で終わっているのに対して、マタイ福音書では、一時的な誤解の後で、イエスの言葉の意味を正しく認識することで終わっていますから、この点でも、マルコ福音書とマタイ福音書とは異なっています。

　マルコ福音書とマタイ福音書とは、この出来事が置かれている前後関係も、でてくる用語も、多くの点で共通しています。このことと、上に述べたことを考え併せると、おそらくマタイのほうが、マルコ福音書を踏まえてこれを整理して内容を首尾一貫させたと考えられます。